windows anterior a win95 como el que mencionas win 3.1 fueron creados para sistemas de archivos fat y fat16, unicamente corrian bajo DOS no eran un SO propiamente sino una aplicación dentro del DOS
Win 95 salio ya como un SO el que fue mejorando siempre usando sistema de archivos fat, fat16 posteriormente win98 uso Fat32
Win NT es un SO empleado para los servidores, usa NTFS como otro tipo de sistema de archivos mas solido rapido y seguro que fat
win xp aprovecha las facilidades de los windows anteriores y las ventajas y seguridades de winNT en cuanto a su facilidad de conexion a redes y utiliza sistema de archivos tanto FAT32 como NTFS
Como podras ver estas hablando del abuelito y uno de los nietos de windows, que funcionan de manera muy distinta uno de otro