-Una opción es entrar en Modo a prueba de fallos, abrir el registro de Windows y buscar por las referencias a tales programas y eliminarlas...
-Otra es cambiarle el nombre al WIN.INI y reiniciar Windows para que lo regenere...
-Otra es regenerar el archivo
system.ini (clic)-Para lo de la otra pregunta: MSCONFIG no existe en Win2000, si se lo instalaron (copiado de Win XP), posiblemente lo deshabilitaron para que no se ejecute...
Para las dos cuestiones se necesita más información...
Saludos